Transcriptome sequencing (RNA-seq)

사실 이 분야는 잘 모른다. 처음 접한 것은 아마도 작년 초 USCAP 강연일 것이다. NIH 에서 소아 solid tumor 에서 whole genome sequencing 과 whole exon sequencing 을 한다고 들었던 것 같다. 지난 대한암학회 workshop 에서 관련 내용이 잠깐 나왔고, 이번 microarray workshop 에서도 역시 잠깐 나왔다. 훈련소 문제 때문에 신청하지는 못했지만 Genome Data Analysis workshop 에서도 관련 내용이 있는 것과 점점 관련 소식이 나오는 빈도가 증가하고 있는 것으로 보면, 짐작컨데 2012년에는 상당히 많은 관련 논문이 나올 것으로 보인다.

그 동안 알려지지 않은 종양을 일으킬 수 있는 돌연변이를 찾을 수 있을 것 같다.
다른 종양에 비해 증가되어 있는 혹은 활성화된 molecular pathway 를 찾을 수 있을 것 같다.
파라핀 조직에서 추출한 DNA로는 표적 치료와 관련된 단백질의 돌연변이를 찾는데 어려움이 있을 수 있는데, 그런 제약에서는 조금 자유로울 것으로 보인다. 



기존의 연구 방법과 비교하여 보았을 때 상당히 멋져 보이는 것 같지만, 그에 따른 단점도 있어 보인다.


임상의들이 검사 과정을 이해하는 것은 어려워 보인다. 

한 번 검사를 시행하면 상당히 대용량의 자료가 나오는 것으로 보이며, 이를 해석하는데에도 역시 상당한 규모의 컴퓨터 자원이 필요한 것 같다. 사실 컴퓨터 자원보다도 중요한 것은 검사에 대한 해석 및 이 과정을 다룰 수 있는 인적 자원이다. 초기에는 인적 자원의 문제가 있을 수 있다면, 검사를 하면 할 수록 컴퓨터 자원에 대한 문제가 발생할 것으로 생각된다.

샘플에서 종양이 차지하고 있는 정도가 양질의 결과를 만들어내는데 중요한 역할을 한다.


비교적 이른 시일내로 활성화 될 분야로 생각되는 만큼 이를 대비한 준비가 필요하지 않을련지...