Western blotting 단백질 분자량 추정

Transfer buffer 가 있을 줄 알고 Running 을 시작했는데

전화해서 물어보니 아직 도착을 안했다고..

그래서 그 동안 확인하고 싶었던 것 중 하나인

180V 에서 running 을 시행하여 보았다.

장시간 running 을 하면 marker 가 흐릿하게 보여서

이리 비춰보고 저리 비춰보고 해야

marker 위치를 확인할 수 있다.

이런 약간 귀찮은 일을 하는 이유는

내가 관심있는 단백질의 분자량이 289kDa 으로

SDS-PAGE를 시행하기엔 약간 고분자량이고,

marker 의 가장 큰 분자량이 245kDa 이기 때문이다.

대충 단백질이 어디쯤 있을지 알아야 

Gel 혹은 membrane을 자를 수 있기 때문이다.

통상 western blotting 에서 단백질 분자량 추정은

Log(Mr) vs. Rf plot 을 그려서 확인할 수 있다고 한다.

한 축에는 분자량에 Log 값을 그리고,

다른 한 쪽에 이동거리를 기록하면 된다.

이렇게 marker 를 기준으로 plot 을 그렸을 때,

중간 부분은 선형 관계에 가깝게 나오며,

분자량이 작거나 큰 단백질의 경우에는 선형의 관계가 아닌

S(sigmoid) 모양이 그려지게 된다고 한다.

일일이 따지고 들어가면 수습 안되니까

추정이 편하게 선형 관계로 가정하고 

수식을 구하면 된다.

자료 값이 선형관계에 있다고 할 때

엑셀에서는 2가지 방법으로 추세선을 확인할 수 있는데,

최소자승법으로 구해주는 함수는

SLOPE 와 INTERCEPT 임.