CellProfiler

Linux 에서 CellProfiler를 좀 돌려보고 느낀 점

동시에 여러 파일을 동일한 파이프라인으로 분석할 수 있다. 처음에 하나의 파일을 분석한 다음, 그 다음에는 사전에 설정한 만큼의 동시에 진행하는 방식으로 된다. 이 과정에서 최대 메모리 점유하는 시점을 파악하고, 메모리 여유가 있을 정도만을 설정하는 것이 필요하다.

윈도우에서 수백개의 파일을 실행할 경우 메모리 오류가 발생한다는 경험자가 있었는데, 리눅스에서는 확인할 수 없었다. 이 부분은 조금 더 확인이 필요하다.

프로그램은 좋은 것 같다. 잘 설정하면 Ki-67 index 정도는 일련의 과정을 통하여 측정할 수 있을 것 같다.