내 맘대로 Chromosome 17

R에서 그래프를 그리는 명령어에 여러 색상을 넣어야 하는 경우가 있다. 숫자가 적으면 상관없는데 숫자가 많아지면 겁나게 귀찮은 부분. R Reference card 를 참고한 결과 N개의 색상을 뽑아주는 간편한 명령어인 rainbow(N) 을 찾을 수 있었다.

pie(rep(1,27),col=rainbow(27))

요 명령어를 사용하면 다음과 같은 결과를 얻을 수 있다. 숫자로 표시된 부분이 해당되는 색을 나타낸다.

이 색상표를 참고해서 다음과 같은 응용을 해보았다.

Breast cancer 의 치료의 한 획을 그은 ERBB2 (CD340, HER-2, HER-2/neu, HER2, MLN 19, NEU, NGL, TKR1) 억제제인 Trastuzumab. 이를 치료에 사용하기 위해서는 HER2 amplification 이 있음을 FISH 를 통해서 입증하거나 면역화학검사(IHC)에서 3+ 가 해당이 되야 한다고 한다(후자의 경우는 보험 되는지 잘 모르겠음).

(Wolff AC, Hammond ME, Schwartz JN, et al. American Society of Clinical Oncology/College of American Pathologists guideline recommendations for human epidermal growth factor receptor 2 testing in breast cancer. J Clin Oncol 2007;25:118-45.)

HER2 FISH 를 보다보면 CEP17 이 증가한 경우를 볼 수 있으며, 경우에 따라서는 CEP17 과 HER2 의 Co-amplification 이 관찰되기도 한다. 이럴 경우 HER2/CEP17 비율이 2.2 미만으로 나올 수 있다.

(Sauter G, Lee J, Bartlett JM, Slamon DJ, Press MF. Guidelines for human epidermal growth factor receptor 2 testing: biologic and methodologic considerations. J Clin Oncol 2009;27:1323-33.)

Breast cancer 에서 CEP17 이 증가하는 것에 대하여 여러 사람들이 연구를 해 보았으나, Polysomy 17 이 매우 드문 현상이며, amplification 을 평가하기 위하여 CEP17 이외의 다른 17번 염색체에 존재하는 유전자를 reference 로 삼을 것을 이야기하고 있다.

(Tse CH, Hwang HC, Goldstein LC, et al. Determining true HER2 gene status in breast cancers with polysomy by using alternative chromosome 17 reference genes: implications for anti-HER2 targeted therapy. J Clin Oncol 2011;29:4168-74.)

HER2 와의 co-amplification 되는 경우도 있으며, anthracycline 에 대한 저항성과 관련이 있는 것으로 알려진, TOP2A 에 를 추가로 확인할 수 있도록 한 시제품들도 있다. 

(Vysis TOP2A / HER-2 / CEP 17 FISH Probe Kit)

지금은 Catalog 에서 안보이는데 17번 염색체의 다른 부위에 대한 probe 를 제공하는 제품도 있다.

그래서 나도 한 번 확인해 보고자 시도해 보았다. FISH 와 비슷한 효과를 볼 수 있는 aCGH (array comparative genomic hybridization) 가 있으며, GEO 에서 찾아 보았을 때, GSE23720 에서 Agilent 제품으로 시행한 결과를  찾을 수 있었다. 이 자료에서는 197개의 aCGH 결과가 포함되어 있다.

Series Matrix 파일을 다운 받은 다음 엑셀에서 불러와서 17번 염색체가 포함된 부분만을 별도의 파일로 저장한다. GSE23720이 포함된 논문에서는 1.5배 이상 변화가 있을 때 gain 이라고 정의하였으니깐 거기에 맞추어서 ERBB2 가 1.5 이상인 값을 찾아보면 27개가 나오며, 그것을 그려보면 다음과 같다. 빨간 화살표가 HER2 부위이다.

다음은 CEP17 에 해당하는 부위. 2개의 증례는 FISH 를 하였을 경우 왠지 나올 것 같은 예감을 불러일으킨다.

TOP2A 에 해당하는 곳을 확인해 봤더니 1례를 제외하고는 gain 이라 할 수가 없는 결과를 보여주는데, TOP2A를 추가로 확인할 수 있는 FISH 제품을 사용하면 왠지 더 도움이 될 것 같은 느낌을 준다고 할까. 이 probe 가 포함된 FISH 제품이 전공의 생활 끝나기 전에 안들어온 것이 다행이다. :)