GSEA in R & 멀티코어

시대의 흐름인 multicore CPU 를 사용하게 하는 방법이 있는것 같기는 하지만, 쉬운 방법이 아닌듯하여 다른 방법을 찾아보다가 이런 방법을 시도해 보았다. 우선 3-4시간 정도 실행해보고 문제 없으면 다시 조절할 예정이다.

전제 1. 분할할 작업은 서로 독립적이다. 하나의 연산이 시간이 오래걸리는 것은 어떻게 할 방법이 없지만, 독립적인 연산이 여러개 있으면 분할 작업을 시도할 수 있다.

준비 1. 동시에 진행할 수 있는 부분 직전까지는 우선 실행시킨 다음 Workspace 로 저장한다.

준비 2. 균등하게 작업을 분배한다. 내 컴퓨터에서는 Swap 이 발생하면 굉장히 속도가 느려지므로, 이를 방지하기 위하여 적절하게 조절했다. 하고 나서 보니 메모리 점유가 생각처럼 높지 않아서 4개로 나눠도 될 것 같다는 생각이 들었지만, 번갈아가면서 잠깐씩 쉬라는 인간애를 발휘하여 3개로 일을 나눴다. 앞서 저장한 Workspace 를 불러와서 바로 작업이 가능하도록 script 를 짜두면 Ctrl + A -> Ctrol + C -> Ctrl + V 로 한 큐에 해결된다.

실행 1. 똑같은 것을 실행하지 않도록 주의해서 실행하면 끝!

개선점. 분명히 script 를 불러와서 실행하는 방법이 있을 것이므로 찾아보기.